La torre de Jaca se construye tras el incendio que asoló la ciudad en 1440 (¿1447?) como solución provisional a la destrucción de la Catedral y de sus dependencias carcelarias eclesiásticas. Reconstruida la cárcel de la Catedral, la torre gótica que promoviera Jorge Lasieso pierde sus funciones y no tardará en convertirse en la Torre del Merino (representante del Rey en la ciudad, recaudador de impuestos y administrador de sus rentas) después de pasar por manos de varias familias nobles jacetanas (Lóriz) y antes de que el concejo la adquiriera en 1599 por quinientos ducados "franca y quieta" para convertirla en cárcel real.
El concejo jaqués quiere dejar de depender del horario que "dicta" la Catedral y decide instalar el reloj de la ciudad en lo alto de la torre. Todavía corre el año 1599. Bartolomé de la Rosada, campanero y vecino de Broto, cobra 500 sueldos por el trabajo de la campana y Bernat de Lasala, campanero y vecino del Bearn, cobra 3.000 por la hechura de la campana.
Los canteros Pedro Gil y Urbano de San Vicente se ocupan de hacer el capitel que había de sostener las tres campanas que habían sido fundidas años atrás; la campana relojera, la que llevaba las armas de la ciudad y hoy se puede ver en el patio del Ayuntamiento, la de las medias horas y la de los cuartos.
El arreglo del reloj de la Catedral (se sacó de allí y se colocó en la torre a pesar de la oposición del clero) corrió a cargo del relojero Pedro Baulín de Barbastro.
La destrucción de Jaca tras la toma de la ciudad a los franceses en la Guerra de la Independencia no afecta a la Torre de la Cárcel. El General Espoz y Mina escribe el 5 de Diciembre de 1813 que Jaca "apenas tiene un edificio sano"... El de la cárcel.
En 1852, el alcalde, el juez de primera instancia y el comandante de ingenieros realizan un informe del estado de la cárcel. Las conclusiones son ilustrativas:
El subterráneo es considerado local de "verdadero martirio que la razón y la humanidad exige no se coloque en él seres, a no ser en un caso extremo y señalado de reos de alta gravedad".
Un nuevo reloj se colocará en 1932. Por deseo del concejo se pone en funcionamiento el día 14 de Abril, aniversario de la proclamación de la II República.
